Breaking news - Een verbeterde diagnostische opbrengst voor filaggrine (2020-03)

Artikel in PDF
F.S. van Leersum

Achtergrond 
Moleculaire diagnostiek voor ichthyosis vulgaris (IV) met conventionele sangersequentieanalyse wordt belemmerd door het notoir moeilijk te analyseren filaggrin (FLG)-gen. Dit ten gevolge van de homologe en polymorfe opbouw van de repeated units. Met het implementeren van single molecule molecular inversion probes (smMIPs) en Next Generation Seqencing (NGS) komt een alternatieve screeningsstrategie beschikbaar waarmee analyse van het volledig coderende gebied van het FLG-gen mogelijk is.

Doel 
Genetische analyse van het hele gen - in tegenstelling tot screenen op alleen populatiespecifieke mutaties - zou de diagnostische opbrengst verbeteren. Op deze manier wordt namelijk ook gescreend op zeldzame familiespecifieke mutaties of specifieke mutaties binnen etnische groepen die nog niet eerder zijn onderzocht.

Methoden 
De smMIP-NGS-strategie is eenvoudig te implementeren, betaalbaar en aangezien NGS-duplicaten verwijderd kunnen worden, kunnen mutatiepercentages gerelateerd en toegewezen worden aan de betreffende polymorfe, gedupliceerde filaggrin-repeat units 8 en 10.

Resultaten 
In een cohort van 202 Nederlandse patiënten die eerder voor de populatiespecifieke mutaties gescreend zijn, werd retrospectief het gehele FLG-gen geanalyseerd. Aangezien alle reeds bekende filaggrinemutaties resulteren in vroegtijdige beëindiging van eiwitsynthese, werd de aandacht specifiek gelegd op het identificeren van nonsense mutaties en kleine inserties of deleties. In verschillende (17/202) van de gescreende patiënten werden aanvullende, nieuwe mutaties geïdentificeerd. Hiermee kon de eerder onverklaarde (meer ernstige) klinische presentatie alsnog opgehelderd worden.

Conclusie 
Deze studie benadrukt de noodzaak om het gehele FLG-gen te screenen op mutaties om zodoende de diagnostische opbrengst voor IV te verbeteren en verborgen varianten in de homologe repeated units van het gen te identificeren. Hierin blijkt de smMIP-NGS-methode een betrouwbare, eenvoudig uit te voeren strategie te zijn om de diagnostiek voor IV te verbeteren. Tevens dienen zich mogelijkheden aan om deze techniek te gebruiken bij stratificatie in grote cohortstudies.

Correspondentieadres 

Frank van Leersum
E-mail: frank.van.leersum@mumc.nl